在睡梦中，大空看到很奇怪的景象，但一觉醒来，却发现自己要迟到了······于是大空骑车飞奔回校，不幸吃了一球，和萩原大介撞在一起······幸得麻衣子相救，大空才躲过被揍的厄运。教室里，麻衣子通过利诱和恐吓，逼使大空放学跟她一起走······放学后，麻衣子为了让大空改掉半途而废的坏习惯，带了他到

故事发生在一个名为楢崎町的小镇上，这是一个拥有着神秘魔法力量的神奇小镇，在小镇的天空中，永远都挂着一道绚丽的彩虹，而在传说中，神明会实现居住在这个小镇里的人们每人一个愿望。天海春彦（泰勇气 配音）是从小到大都生活自镇上的青年，一天，班上来了一个名为深峰莉子（清水爱 配音）的转校生，让春彦没有想到的是

　　谷山麻衣（名冢佳织 配音）是个有预知和感应能力的高一女生，机遇巧合之下认识了长相英俊、颇为自恋的涉谷一也（泰勇气 配音），原来他是个专业的狩灵师，还是专门调查灵异事件事务所的所长，他身边有个叫林兴徐的助手。麻衣所在的学校出现了谣传，说旧校舍被灵所诅咒。涉谷一也受到校长委托，来到学校调查。同时被叫

伊庭树（福山润 配音）是一位平凡的少年，在一场意外中，他失去了右眼，不得已带上了眼罩。伊庭树的个性格外懦弱胆小，稍有不慎就会吓到晕倒。七年前，伊庭树的父亲无故失踪，七年过去依旧了无音信，依照法律，伊庭树即将继承父亲的财产——一间名为阿斯特拉尔的公司。让伊庭树没有想到的是，这间表面看来十分普通的公司，

　　在初音岛上，樱花一年四季都在盛开，而我们的故事就发生在这个浪漫的地方。朝仓纯一（泰勇气 配音）是就读于风见学园的高中生，和别人不同的是，他拥有能够看见别人梦境的神奇能力。这一次，他又梦见了那个不知名的女孩，她的音容笑貌是如此的熟悉，可纯一就是记不起她的名字。这天，学 校新来了转学生芳乃樱（田村由

故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的

一次意外中，少年弘濑琢磨（小清水亚美 配音）的双眼失去了光明，这为他内向的性格更增添了一层阴影。父亲将琢磨托付给乡下的叔叔代为抚养，同时也希望乡间闲散的生活能够治愈他受伤的心灵。在乡间，琢磨结识了个性活泼开朗的姐妹神乐萤（成濑未亚 配音）和神乐雏田（田中凉子 配音），这一对姐妹乐观的态度让琢磨的心扉

在WRGP大赛中打败了新世界队的5D's队，原以为可以阻止圣柜摇篮的坠落，没想到历史出现变动，造成了圣柜摇篮在现实中出现并且下坠，游星等人决定前往阻止Z-ONE等人毁灭新童实野市的计划。在决斗中，乌鸦与秋成功拯救了被过去束缚的雪莉；为了守护同伴而赌上性命的龙亚作为最后一位龙印者觉醒，召唤出了

与暗印人的战斗过了半年，连接卫星区和都市区的桥梁“代达洛斯桥”完成，彼此之间的界线终于消失了。全市建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，并开发了“激速世界2”以取代以前的“激速世界”。然而，新的威胁已悄然来临，来自未来并持有强力怪兽·机皇帝的“伊利亚斯特尔”，企图毁灭新童实野市并改变历史。为了阻止他

游星等人终于发现，原来幸运杯是葛德温为了集合龙印者，并使他们的力量觉醒所举办的。另一方面在卫星区，一群名为“暗印人”的决斗者已经蠢蠢欲动，这正与游星和杰克两人在进行决斗时所看到的蜘蛛印记有关。暗印人能够展开令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用名为“黑暗同調”的新战法召唤出独特的黑暗同調怪兽，