第3季故事将讲述在神殿担任见习青衣巫女的梅茵和她的朋友路兹、姊姊多莉与孤儿院的孩子们一同制作了儿童版圣典绘本，对于书籍热情越来越高的梅茵，决定挑战下一个目标「活版印刷」。　　梅茵强大的魔力和丰富知识也让贵族们发现了她的利用价值，以及对梅茵怀恨在心的贵族，也纷纷暗地里瞄准梅茵。为了安全起见，安排了

　　学园都市乌兹西奥学园发生了异变，学校的游泳池被破坏了。　　近期经常发生有关超能力的怪异事件！这些事件的背后存在着谜一样的应用——超能力APP「AICis」